Os solos do Cerrado possuem um pH bastante ácido e há pouca água na superfície. Assim, as plantas do Cerrado contam com raízes que conseguem captar água em grandes profundidades, além de caules subterrâneos que armazenam água e folhas espessas e com pelos que diminuem a perda de água. A vegetação é adaptada para se desenvolver em solos pobres.

O Cerrado possui duas estações bem definidas: uma delas quente e úmida e a outra mais amena e mais seca. As chuvas se concentram no verão, enquanto o inverno é mais seco. As chuvas na região do Cerrado são importantes para todo o ecossistema, mas especialmente para os animais, incluindo os humanos: é onde se originam os rios que abastecem a maior parte da população do país: os rios Araguaia, Tocantins, Parnaíba, Paraná, São Francisco, Pardo e Jequitinhonha.

As queimadas naturais são importantes para manter a diversidade do Cerrado e determinam a quantidade e a altura das árvores. Onde o fogo é mais raro, a vegetação é mais alta e desenvolvida. As gramíneas e plantas mais baixas rebrotam rapidamente após a passagem do fogo e muitas das espécies de árvores são bastante resistentes às queimadas, com uma proteção formada por uma espessa camada de cortiça nos troncos. Algumas plantas do Cerrado possuem sementes que dependem das queimadas para germinar. O fogo é um elemento natural em ambientes savânicos, mas suas consequências são muito diferentes dos incêndios provocados pelo homem.

Mais de 800 espécies de aves ocorrem no Cerrado, por causa da diversidade de ambientes e também de sua localização central, margeado pela floresta Atlântica, a Amazônia e a Caatinga. Além das espécies típicas de sua formação, existem também no Cerrado espécies típicas desses outros biomas. Essa combinação faz com que ele apresente poucas espécies de aves que só ocorrem nesse bioma. Apenas 30 espécies são consideradas exclusivas do Cerrado.